В структуре Научного центра функционируют:
1.Отделы
2.Лаборатории
3.Службы
4.Центр повышения квалификации
5. Информационно-ресурсный центр
6.Производственные подразделения
7.Опытно-экспериментальные хлопкозаводы
Отделы подразделяются на научно-производственные и административно-технические (общее количество – 6):
Научно-производственные отделы:
- Отдел стандартизации и метрологии
- Отдел координации научных исследований и внешних связей
- Отдел по внедрению научных разработок
- Отдел проектирования оборудования и промышленного дизайна
Административно-технические отделы
- Отдел бухгалтерского учета и отчетности
- Отдел перспективного планирования и корпоративных отношении с акционерами
Научно-исследовательские лаборатории (общее количество – 6):
- Лаборатория экономического анализа технологических процессов и проблематики хлопководческо-текстильных кластеров
- Лаборатория автоматизации, производственных процессов
и охраны труда - Лаборатория джинирования, линтерования и прессования
- Лаборатория сушки, очистки хлопка-сырца и обеспыливания производства
- Лаборатория заготовки хлопка-сырца и апробации новых сортов
- Лаборатория подготовки посевных семян
Службы (общее количество – 2)
- Служба по контролю исполнения поручений и работе с обращениями
- Служба по управлению персоналом
Центр повышения квалификации
Информационно-ресурсный центр
• Группа ИКТ
Опытно-экспериментальные хлопкозаводы (общее количество – 5)
- Жондор (Бухарская обл.)
- Хайрабад(Сурхандарьинская обл.)
- Багдад (Ферганская обл.)
- Бука (Ташкентская обл.)
- Кушкупир (Хорезмская обл.).
Системный блок:
- Ученый совет
- Технический комитет «Хлопок»
- Лицензированный полиграфический участок
- Видеостудия по производству фильмов отраслевой тематики
- Участок по изготовлению хлопковой эталонной продукции и ГСО
- Испытательный участок для внутриотраслевых арбитражных испытаний
Связь с профильными организациями:
- Комитет по координации развития науки и технологий при КМ Республики Узбекистан
- Центр геномики и биоинформатики
- ООО «Пахтаджин КБ»
- Госкомиссия Республиканского экспертного совета по техническим культурам
- Институт механики и сейсмостойкости сооружений АН РУз
- Институт электроники АН РУз
- Ташкентский институт текстильной и легкой промышленности
- УЦ «Сифат»
- Наманганский инженерно-экономический институт
- НПО «Академприбор»
- НПФ «Селва»
- ОАО «Узенгилсаноатлойиха»
- ООО «Мегаваттэнерго»