Создание Научного центра «Пахтасаноат илмий маркази» тесно переплетается с историей хлопкоперерабатывающей отрасли, одной из наиболее древних и традиционных для Узбекистана. Сегодня благодаря вниманию Президента и Правительства, программам технического перевооружения, научному и кадровому потенциалу- промышленность достигла современного уровня и занимает важную роль в деловом климате страны. За годы своей деятельности коллектив Научного центра внес значительный вклад в развитие отечественной отраслевой науки о технике и технологии первичной переработки хлопка. При непосредственном участии ученых, специалистов, проектировщиков было создано, испытано и поставлено на хлопкозаводы почти всё отечественное оборудование. А в далекие двадцатые годы прошлого столетия в Туркестане функционировало только 35 хлопкозаводов из 296 существовавших до 2017 года. Для строительства новых заводов не хватало средств, а для ремонта старых – не было запчастей. В тот период только США был основным поставщиком оборудования для хлопкоочистительных заводов, но торговые отношения с ними были нарушены. Отсутствие валюты в необходимых объемах также сдерживало возрождение промышленности. Крайне важно было найти выход из сложившейся ситуации, используя внутренние резервы.
И он был найден. В августе 1926 года VII Общесоюзное Хлопковое Совещание в Москве постановило преобразовать ташкентский резервный завод №50 «Узбекхлопка» (он менее других пострадал в годы революции) в первый Опытный хлопкозавод с функциями научного учреждения общесоюзного значения.
В 1927 году в дополнение к Опытному хлопкозаводу, заработал первый машиностроительный завод, ориентированный на производство оборудования для хлопкозаводов. В период 1926-1936 годов коллектив специалистов Опытного завода проводит большую работу в области создания отечественного хлопкового машиностроения и хлопкоочистительной промышленности. В этот период на Опытном хлопкозаводе начинают проводиться исследования по повышению производительности, действующего хлопкового оборудования за счет оптимизации скоростных режимов машин; разрабатываются рекомендации для изготовления серии первых отечественных джинов и линтеров, а также замены винтовых прессов на гидравлические. В 1928 году впервые была разработана и стала внедряться на хлопкозаводах пневматическая система подачи хлопка-сырца, что стало предпосылками для дальнейшей механизации трудоемких процессов и замены ручной подачи хлопка-сырца на пневматическую. Все это послужило началом обретения технической независимости страны и поэтапному оснащению хлопкозаводов отечественным оборудованием. На десятом году существования Опытный хлопкозавод решением Совнаркома СССР от 05.04 1936 г. был преобразован в первый и единственный в стране Центральный научно-исследовательский институт хлопкоочистительной промышленности – ЦНИИХпром.
Объем работ значительно возрос. В период 1936-1940 годов создаются первые отечественные приборы для лабораторных анализов, проводятся научные изыскания по вопросам сортировки и классификации хлопка-сырца и хлопкового волокна. В 1941-1945 годах ведется поиск заменителей дефицитных материалов и реставрация изношенных запчастей к оборудованию, разрабатываются способы использования низкосортного топлива для дизелей хлопкозаводов и т.д. В 1946-1950 годы правительством Узбекистана одобрен проект ЦНИИХпрома по комплексной механизации трудоёмких процессов на всех хлопкозаводах с внедрением автоматической подачи хлопка в пневмотранспортную систему, а также механизацию набивки мешков, погрузки кип в вагоны.
В период с 1951 по 1954 годы институтом усовершенствуется практически все действующее и разрабатывается новое хлопковое оборудование — создаются бесщеточный линтер, шнековый очиститель 6А-12, очиститель марки БЧ-1, первые ленточные транспортеры и шнековые набивочные машины, внедряется однокамерный джин производительностью до 12 кг волокна на 1 пило/час. С 1955 года институт начинает разработку механизмов для приемки и бунтования хлопка-сырца. В этот период создаются питатели ПЛ и ленточные транспортеры для бестарной приемки хлопка. По проектам ЦНИИХпрома конструкторами ГСКБ по хлопкоочистке проектируются две сушильные установки 2 СБС и СХН-3, очистители хлопка-сырца ЧХ-3М, ОХБ-10 и другая техника, которая позднее получила широкое распространение в отрасли. В 1956-1965 годы появляются принципиально новые конструкции машин для механизации и переработки хлопка-сырца машинного сбора; внедряются приборы для оценки качественных показателей хлопковой продукции. В 1968 году с учетом повсеместного внедрения нового отечественного оборудования впервые разработан единый регламентированный технологический процесс переработки хлопка, упорядочивший организацию процесса переработки. Начиная с сезона заготовки урожая 1969 года на хлопкозаводах и заготовительных пунктах начинает внедряться бестарная перевозка хлопка-сырца и новый порядок его приёмки с использованием новых устройств: питателей ПЛ, ленточных транспортеров ТЛХ-18, разборщиков бунтов и т.д. Результатом реализации этих проектов явилась возможность впервые высвободить по всей отрасли более 10 тысяч человек и ускорить темпы приемки хлопка.
Благодаря высокому научно-техническому потенциалу и коллективу высококвалифицированных специалистов институт через 50 лет уже представлял собой крупный научный центр страны, в составе которого функционировали Экспериментальные мастерские (ЭПММ) в Ташкенте, Опытный хлопкозавод г.Нариманово, Ташкентской области, филиал в Кировобаде ( Азербайджан). В тот момент в институте работали более 900 человек, 230 из которых были научными сотрудниками, 50 из них имели степень кандидатов наук. К юбилейной дате институт был обладателем более 150 действующих авторских свидетельств и патентов. В начале 80-х годов в отрасли начинают осваиваться первые поточные линии ПЛПХ, авторство по разработке которых принадлежала объединённому коллективу Научного центра, ГСКБ по хлопкоочистке и завода «Узхлопкомаш». В этот же период продолжают испытываться батарейные волокноочистители, увлажнители, оперативные механизированные склады, бункеры-накопители, машины для формирования бунтов, рытья тоннелей, теплогенераторы и т.д.
В начале 90-х годов создаются образцы опытно-экспериментального оборудования, которые становятся прототипами техники 2000-х годов. В 1991-2012гг. Научный Центр участвовал в техническом перевооружении практически всех хлопкозаводов, строительстве 31 специализированного цеха по подготовке посевных семян хлопчатника. Перевооружение отрасли производилось с внедрением эффективных и запатентованных технических решений. Существенный вклад в развитие отраслевой науки внесли следующие ученые-практики и специалисты: Н.Нуралиев, Н.Б.Соркин, Г.А.Кириллов, П.В.Байдюк, С.П.Иванов, А.А.Кассирский, С.Н.Нусратов, Л.И.Кабанов, Х.А.Каримов, А.И.Крыгин, В.М.Головин, Э.Б.Малков, Г.Д.Кушнаренко, В.М.Белицкий, Х.К.Давыдбаев, Р.М.Каттаходжаев, Г.А.Тихомиров, У.Х.Азизходжаев, С.А.Саидахмедов, С.У.Саидханов, М.С. Урманов, Э.Т.Максудов, М.Ф. Архипов, И.К.Хафизов, В.В.Дьячков, Э,А.Муратов, Е.Ф.Будин, Р.П.Никитин, А.М.Гуляев, З.Х.Касымов, А.Г.Шайдуллин, А.А.Муратов, А.Х.Тилляходжаев, К.С.Сабиров, А.А.Ахмедов, В.Е.Устюгин, В.Г.Ракипов, А.К.Калимулин, В.Г.Лейбович, П.Н.Бородин, А.Расулов, Н.З. Камалов и многие другие.
Научный центр «Пахтасаноат илмий маркази» сегодня – это современная научно-исследовательская и экспериментально-производственная база, которая позволяет решать задачи в области исследований, проектирования, разработки и испытаний оборудования для переработки хлопка-сырца и подготовки посевных семян. Научный центр осуществляет повышение квалификации специалистов хлопкоочистительной отрасли, разработку нормативно-технической, методической документации и реализует другие виды деятельности в целях совершенствования технологии первичной переработки хлопка. Потенциал Научного центра, накопленный за многолетний период существования, способен и в будущем обеспечить сохранение лидирующих позиций в данной области исследований.